基层党组织是党在农村全部工作和战斗力的基础，是基层各种组织和各项工作的领导核心，建设社会主义新农村，农村基层党组织发挥着关键性作用。如何适应新农村建设的要求，积极创新农村基层党组织工作体制机制，不断提高领导社会主义新农村建设的能力和水平，成为当前农村工作面临的一项重大课题。
创新农村党组织的组织设置模式，充分发挥其战斗堡垒作用
在计划经济时代，农村基层党组织一般都是以行政村为单位设置的。这种单一的模式，已难以满足市场经济条件下农村经济成分和经济主体多元化，以及人才、资金、技术和信息等生产要素跨地区、跨行业、跨所有制流动的需要。为了适应新农村建设的要求，应当在总结一些地方成功经验的基础上，对农村基层党组织设置的模式进行大胆创新。
适应农业专业化生产的要求，打破原有行政村建制局限，调整农村基层党组织的设置。目前，农村基层党组织的设置正在从单一走向多元，由区域型向产业型、功能型转变。所以，要根据农村阶层分化后的现状，围绕农业产业化目标，把党组织建立在产业链上，按照区域经济布局，建立具体产业的党组织。
可以采用村村联建模式，即为了推进新农村建设进程，实现生产要素优化配置和共同富裕的目标，将相邻的两个或几个村的党组织合并归一，联合建立党组织。可以采用村企联建模式，即将乡镇或村集体骨干企业的党组织与行政村党组织合并联建，由企业党员厂长(经理)或党组织书记兼任村党组织的书记，在组织上实行村企统一领导，推进以工补农、以工促农。还可以采用涉农部门与村联建模式，即由乡镇的农业技术推广站、林业站、兽医站等服务部门与行政村联合建立党总支，既强化了涉农部门的服务功能，也给新农村建设提供了科技支撑。
在行业协会中设立党组织。随着农村经济的不断发展，农村党员就业形式日益多样化，农村涌现出了大批产业基地和行业协会。可以依托这些基地、协会设置党组织。如“支部+基地”、“支部+协会”模式。主要以产业基地、行业协会为载体，把分散在广大农村和城镇的党员，按行业分工组织起来，建立相应的行业党组织。这类“支部+基地”、“支部+协会”的形式，顺应了农业专业化、产业化发展的需要，有利于把党的方针政策通过基地、协会这一枢纽贯彻到千家万户中去。
针对务工农村党员的现状及发展趋势，以地域设置党组织。随着农村市场化进程的推进，外出务工的党员越来越多，有的地方务工党员相对比较集中，形成了农村党员的特殊群体，如何将这些人组织起来，发挥更大作用，成为我们必须要解决的问题。所以，要特别加强对本地务工农民党员的管理，以乡、村或联村为单位建立务工流动党员党组织，构建以流入地党组织管理为主，流出地党组织和流入地党组织密切配合、有机衔接、双向互动、共同负责的流动党员管理体制。要根据农村党员的流动态势及特点，在流动党员相对集中的经济组织或行政组织中，设置流动党员党支部，确保党员走到哪里，党组织的覆盖面就延伸到哪里，党的工作就开展到哪里。
创新农村党组织的领导体制，努力构建以党组织为核心的村级组织体系
建设社会主义新农村，推进农村基层民主政治建设进程，必须完善村党组织领导下的农村基层自治制度，从体制机制上理顺村党组织的领导和村委会的自治之间的关系。
一是创新农村基层党组织工作制度，解决以“制”办事的问题。要进一步规范党支部权力运作，实行民主管理，提高科学决策水平。当前，尤其要注重建立完善党员大会或党员代表会、村民议事会或村民代表会议事制度，凡涉及村里重大事务及与群众利益密切相关的问题，都要经过党员大会或党员代表会、村民议事会或村民代表会讨论决定。
二是完善村“两委”班子协调配合的工作体制，正确处理村党组织与村委会的关系。要积极推行“两委”班子成员交叉任职、党政兼职，精简职数，提高效率。要建立村“两委”班子联席会制度。明确在村级组织中，村党组织处于领导核心位置，农村党支部书记是村级班子的“一把手”，是村里各项工作的主要组织者和领导者，村委会等其他村级组织必须在党支部的领导下，围绕自身职能，依法照章开展工作。对村内重大问题，未经“两委”班子联席会研究，不得提交村民会议或村民代表会讨论决定。要建立健全党组织与村委会的议事规则和决策程序，村委会向党支部请示汇报制度和党支部定期向村委会通报制度等。
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