住院医疗补偿设立起付线和封顶线。起付线标准为乡镇卫生院100元、县级医疗机构200元、县外定点医院500元。封顶线标准为15000元，即新型农村合作医疗基金为每个人在1年内累计支付住院医疗费总额不超过15000元。参加新型农村合作医疗的农民每次住院的医疗费用在起付线和起付线以下时由个人负担，超过起付线后的医疗费用从新型农村合作医疗住院医疗基金中分段按比例补偿。
㈠在乡镇定点医疗机构诊治的住院费用补偿比例为：
住院费用100元以上部分，按50%报销。
㈡在县级定点医疗机构诊治的住院费用补偿比例为：
住院费用200元以上至3000元部分，按35%报销；
住院费用3000元以上至5000元部分，按40%报销；
住院费用5000元以上至10000元部分，按45%报销；
住院费用10000元以上部分，按50%报销。
㈢在县以外定点医疗机构诊治的住院费用补偿比例为：
住院费用500元以上至3000元部分，按25%报销；
住院费用3000元以上至5000元部分，按30%报销；
住院费用5000元以上至10000元部分，按35%报销；
住院费用10000元以上部分，按40%报销。
参加新型农村合作医疗的孕产妇住院分娩每人补助80元，有产科并发症者纳入住院病人补助范围。
第二十五条 患有晚期癌症、高血压Ⅲ期、中风后遗症、冠心病、重症糖尿病、慢性肾功能衰竭、肾移植抗排、重症肝炎、白血病等慢性病门诊患者，在办理有关享受补助政策的审批手续后，其门诊费用每年年终汇总后按40%比例给予补助，但每人每年累计报销不得超过500元。
第二十六条 新型农村合作医疗补偿办法：
㈠门诊发生的医疗费用由就诊者持《五峰土家族自治县新型农村合作医疗证》直接在定点村卫生室或乡镇卫生院就诊现场报销，在县级或县级以上定点医疗机构就诊的，由就诊者持门诊医疗费用发票回所在地乡镇合管办报销。
㈡住院发生的医疗费用由就医者在医疗终结后凭医疗机构病历文书和医疗费结帐单在乡镇合管办或县级医疗机构合管科申请即时报销；或由乡镇合管办或县级医疗机构合管科按规定进行审核后，由就医者直接向医疗机构缴纳自费部分后出院。
㈢新型农村合作医疗参与者外出打工、暂住、探亲期间因病需住院原则上回本县定点医疗机构住院治疗，因抢救情况异地住院费用按第二十四条规定的相当级别医疗机构各段比例基础上按50%报销。由患者凭住院医疗机构的诊断证明书、病历复印件、复式处方、医疗费用清单、医疗费用发票和《五峰土家族自治县新型农村合作医疗证》、身份证或户口簿到县合管办办理报销手续。
㈣经县合管办批准转到县以上定点医疗机构住院发生的医疗费用由患者凭住院医疗机构的诊断证明书、住院病历复印件、复式处方、医疗费用清单、医疗费用发票和《五峰土家族自治县新型农村合作医疗证》、身份证或户口簿到县合管办按照本办法第二十四条第三项规定补偿。
㈤纳入慢性病门诊补偿的对象，应将县级以上医疗机构的诊断证明和病历文书及时送交乡镇合管办审核，并由乡镇合管办报县合管办办理享受补偿政策的有关审批手续，经批准后方可享受补偿政策。年终由各乡镇合管办汇总后按规定给予补助。补助费用不占用家庭账户基金，从住院医疗基金中支付。
㈥新型农村合作医疗参与者的一切住院费用由接诊医疗机构填写清单，并由患者本人或其家属签字。凡未经患者本人或其家属签字的医疗费用，不予补偿，患者也有权拒付。
㈦县内定点医疗机构先行为参合农民垫付报销门诊及住院医疗费用后，将全部资料上报乡镇合管办或县级医疗机构合管科，乡镇合管办或县级医疗机构合管科每月前5日将上个月全部费用汇总后上报县合管办，县合管办审核后申请县财政局直接将报销的医疗费用核拨到定点医疗机构。
第二十七条 下列费用不得在新型农村合作医疗基金中报销：
㈠不属新型农村合作医疗《基本用药目录》、《诊疗服务项目目录》范围的医疗费用；
㈡斗殴致伤、自杀、自残、服毒、公伤、酗酒、整容、美容、矫形、交通肇事、计划生育、职业病发生的医疗费用；
㈢国家明确有补偿的病种发生的医疗费用（如肺结核、艾滋病等）；