如何用有限的资源办成尽量多的事情，如何建一流大学、如何实现诺贝尔奖零的突破，一直考验着各类决策者尤其是政府的集体智力。但决策者并未形成一套合适的管理和组织模式，而是主要沿袭旧的计划经济和行政指令工作思路：垄断资源、重点建设、层层报批，这一思路是建立在“集中财力一定能出重大成果”的假定之上，加上决策者受“无政绩不升迁”官场规则的硬约束和政绩冲动，因此，大量“计划”、“工程”涌现，便有了从重点大学到211工程、985工程的等级之分。
重点建设思路统治了中国几十年，在某些经济、科技、教育、军事领域也的确办成了一些大事。但由于这一思路也对社会公平造成巨大损害，如“三农”问题便是社会不公的集中体现，现已逐渐让位于通过市场来平等竞争。
与这一主流倾向相反，在学术领域，重点建设思路仍居统治地位，并且还有强化的趋势，如前述，近十几年科教的增加投入大部分垄断在各级政府和半官方单位手中，对这些资源的分配又严重地倾向于少数大学、研究机构和少数人。少数大学不仅得到国家资金的重点支持，还通过国家特别授权如网络远程教育获取更多的利润。国家重点投资和特别授权又增加了这些大学吸纳社会资金的本钱，出于广告效应，企业、其他民间团体对它们厚爱有加，纷纷慷慨捐赠，并设立各种奖学金、奖励基金，国家、企业、个人都争着要“锦上添花”，而不愿“雪中送炭”。久而久之形成科教领域的收入、研究经费、工作条件严重的分配不公。
同为大学教授，因在不同的教育部直属大学任职，收入却相差一二倍；极少数教授将官方半官方所有重大奖项尽收名下；有的一流大学用于种草种树的资金就达上亿元。这是弊端之一。
弊端之二是成本巨大。一方面可投入学术的资源有限，另一方面为获取这些有限资源的各种投入又大得惊人。在“程序正义”原则指导下，各种审批定级活动都有较为严格的形式化程序，如国家社会科学基金项目每年评审一次，大体程序为：项目负责人申请，大学在院系评审基础上筛选上报，省、区、市社会科学规划办公室或在京委托管理机构签署意见，同行通讯评审，学科评议组评审。有时一个两三万元的项目耗去的项目论证费、各级评审费、通讯费、旅差费、纸张及打印费、公关费差不多占去经费的一半。
在国家级项目申请中，申请人及所在单位不计成本几成通例，大家争的是一个名，单位要达标、上台阶、创一流，个人要评职称、评奖或保位子，少有人去关注成果水平本身是否为“国家级”。还有专司科研管理的机构，如全国和省级哲学社会科学规划办公室、各部科研司局、大学科研处，其专职人员每年的工资福利、办公开支，恐与国家每年对哲学社会科学的投入相差无几。另外，审批的时间成本更是无法计算，一些名家评了东家审西家，才下眉头，又上心头，天知道他们一天半天如何读完十几份每份逾万字的申请书，并划上百个勾。一些主管科研的大学负责人更是常常终日泡在“计划”、“工程”的组织申请、论证、评审、公关之中。
弊端之三是腐蚀学术风气，降低学者人格。以今年博士点评审为例，以往是两年评审一次，大体的程序为：各基层申请，大学评审排序，同行通讯评审，学科评议组评审，国务院学位办审批。由于多种原因，本应去年进行的第九次博士点评审推至今年，又因SARS之故，学科评议组也采取网上评审。申请单位深谙“功夫在诗外”之硬道理，互联网外的公关和争夺早就展开：某些地方大学领导班子集体赴京，行走于京城各评委要人之间；有的大学以学校名义慷慨为重要评委的基金会捐款；在大型学术会议上一些学者偃旗息鼓，生怕出言不逊得罪能影响评审结果的人……
该如何繁荣学术
“集中财力一定能出重大成果”的假定事实上时被证伪，至少在决策者不能拿出详尽的评估报告证实所推行的重大计划、工程取得了重大成果的情况下，就可以推定被证伪，在这里也要实行“举证责任倒置”。
现在许多工程缺乏科学性、计划性，未有组织深入论证，如“211工程”尚未完成，“985工程”就上马，“高校青年教师奖”本来就是高校最高教师奖，现又有了教育部“名师工程”，它们是何关系，恐怕决策者也说不清。
据悉，教育部已决定，从今年开始启动的教育部哲学社会科学“繁荣计划”，包括六项计划、十项举措。
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