(十四). 垂直管理出入境检验检疫机构；对省（自治区、直辖市）质量技术监督机构实行业务领导。
(十五). 管理国家认证认可监督管理委员会和国家标准化管理委员会。
(十六). 承办国务院交办的其他事项。
二、内设机构
(一). 办公厅
协助总局领导处理机关日常政务。负责事业发展规划和政策研究。起草和审核重要文件和报告。负责秘书、文电处理、文书档案、值班、督查、信访、保密、保卫、政务信息及重要会议的组织。制定并组织实施总局机关内部规章制度，指导机关办公自动化建设。承担局新闻发布工作，管理和组织宣传报道和报刊出版工作。负责机关财务、房产及其他资产的行政管理工作。
(二). 法规司
承办质量监督检验检疫法律、法规草案的起草工作。拟定有关规章。承办发布部门规章的有关事宜。负责质量监督检验检疫双边和多边国际合作协定、协议和议定书草案的法律审核工作。管理与质量监督检验检疫有关的技术法规工作。负责行政执法的监督检查和普法教育等工作。负责质量监督检验检疫的对台业务。
(三). 质量管理司
组织实施国家关于质量振兴的政策措施。对全国质量管理工作进行宏观指导。组织实施国家质量奖励制度和推进名牌战略的工作。总结推广先进的质量管理经验和科学的质量管理方法。承办建立重大工程设备质量监理制度的有关事宜。组织重大产品质量事故的调查并提出整改意见。负责产品防伪的监督管理工作。
(四). 计量司
组织实施计量法律、法规，推行国家法定计量单位。管理和监督国家计量基准、计量标准和标准物质。组织制订国家计量检定系统表、检定规程和计量技术规范。组织全国量值传递，依法监督管理全国计量器具。负责规范市场计量行为，组织计量仲裁检定。规范社会公正计量服务机构。承担有关国际法制计量组织的具体业务工作。
(五). 通关业务司
研究拟定出入境检验检疫综合业务、证书签证、标志标识（标识）的规章制度，并组织实施。管理口岸检验检疫业务。编制、汇总出入境检验检疫目录和种类表。管理商品普惠制原产地证和一般原产地证签证工作。管理出入境检验检疫计收费管理和出入境检验检疫业务统计。组织实施出入境检验检疫业务信息化工作。依法监管从事与检验检疫通关业务有关的社会服务机构。
(六). 卫生检疫监管司
研究拟定出入境卫生检疫规章、制度，组织实施出入境卫生检疫、传染病监测、卫生监督。收集国外有关传染病疫情信息。
(七). 检验监管司
研究拟定进出口商品检验和监督管理规章、制度、技术措施及进出口商品检验种类表，组织实施进出口商品法定检验。组织实施进口许可制度民用商品入境验证管理。审批法定检验商品的免验，办理复验和监督抽查。组织实施一般包装、危险品包装检验。组织实施和协调运载工具和集装箱检验检疫工作。监督管理进出口商品鉴定和外商投资财产价值鉴定。依法审批和监督管理涉外检验鉴定机构的审批。
(八). 进出口食品安全局
研究拟定进出口食品和化妆品安全、质量监督和检验检疫的规章、制度及进出口食品、化妆品检验检疫目录。组织实施进出口食品、化妆品的检验检疫和监督管理。收集国内外有关食品安全、卫生质量信息，组织实施相关食品卫生风险分析评估和紧急预防措施。管理重大进出口食品卫生质量事故查处和食源性污染源处理工作。
(九). 特种设备安全监察局
管理锅炉、压力容器、压力管道、电梯、起重机械、客运索道、大型游乐设施、场（厂）内机动车辆等特种设备的安全监察、监督工作，拟订特种设备安全监察目录、有关安全规章和安全技术规范并组织实施和监督检查；对特种设备的设计、制造、安装、改造、维修、使用、检验检测等环节和进出口进行监督检查；调查处理特种设备事故并进行统计分析，负责特种设备检验检测机构的核准和特种设备检验检测人员、特种设备作业人员的资格考核工作。
(十). 产品质量监督司
组织实施国家产品质量监督抽查。依据有关法律法规规定拟定国家重点监督的国内产品目录，并组织实施监督。组织对生产企业实施国内产品质量监控和强制检验。管理和协调产品质量的行业监督、地方监督与专业质量监督。管理质量仲裁的检验、鉴定工作。监督管理国家级产品质量检验机构。管理工业产品生产许可证工作。
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