主体功能区划要发挥优化空间布局、规范空间开发的基础性作用，更好地为其他涉及空间布局的规划提供依据和指导，还必须做到以下两点：一是主体功能区划必须具备科学性，要有扎实的分析和科学的预测，要经得起实践的考验，这是其发挥基础性作用的前提。二是必须通过立法提高主体功能区划的法律效力，目前城市规划、土地规划都有相应的法律法规，主体功能区划也必须从法律角度确立其基础性空间规划的地位，这是其发挥基础性作用的保证。
四、关于生态功能区划和主体功能区划的关系
生态功能区划是根据区域生态环境要素、生态环境敏感性与生态服务功能空间分异规律，将区域划分成不同生态功能区的过程。主体功能区划是根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，统筹考虑未来人口分布、经济布局、国土利用和城镇化格局，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区，并制定相应配套政策的过程。主体功能区划和生态功能区划存在明显的功能差异，生态功能区划是以保护生态环境为主要功能导向的区划，主体功能区划是以调控和规范区域开发行为为主要功能导向的区划。在区划性质上，生态功能区划主要考虑区域的自然属性，是根据区域自然要素进行的专项性区划；主体功能区划除了考虑区域的自然属性，还要考虑区域的经济、社会和文化属性，是建立在自然区划和经济区划基础上的综合性区划。在区划作用上，生态功能区划主要在生态系统维护和生态环境建设领域发挥作用，主体功能区划主要在统筹区域协调发展和调控空间开发格局方面发挥作用，其政策性和约束性更强。总体上看，主体功能区划和生态功能区划既相互联系又相互区别，生态功能区划是主体功能区划的重要基础和依据，主体功能区划是保障生态功能区划落实的重要载体和途径，两个区划各有侧重，不能替代。
五、关于主体功能区和开发区、自然保护区的关系
主体功能区是根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，考虑未来人口分布、经济布局、国土利用和城镇化格局，按照统筹区域发展和人与自然和谐发展的原则要求来划分的，并辅以相应的配套政策。每个主体功能区域覆盖的面积都比较大，有的可能会覆盖几个省市区。由于主体功能区的区域范围较大，内部的均质性相对较低，相对于区域内部存在的许多具体功能，只能从宏观上调控和规范区域开发行为出发，确定该区域起主导作用的区划，即主体功能。区域的主体功能确定以后，该区域内的其它具体功能仍然存在，有的具体功能可能会弱化，有的具体功能可能会加强，还有的可能会形成新的具体功能，但前提条件是必须服从和服务于主体功能。在主体功能区划工作过程中，应该妥善处理好主体功能区和开发区、工业园区和各类自然保护区的关系。开发区、工业园区和各类自然保护区是依据法律法规或政府规章设立的、具有特定的开发功能或保护功能的区块，其范围较小，内部均质性较强。依法设立的各类自然保护区，包括国家级和省级自然保护区、重点风景名胜区、森林公园、地质公园及世界文化自然遗产，原则上不论被划入限制开发、优化开发还是重点开发区域，均应实行强制性保护，严禁不符合法律法规的开发活动。但是被划入重点开发区域的，其保护范围和保护强度应当作适当调整，妥善处理好开发和保护的关系。清理整顿以后，经国家和省级政府批准设立的开发区和工业园区，原则上仍应继续作为经济开发和产业集聚的重点。但是，被划入限制开发和禁止开发区域的，应该重新进行环境影响评价，重新研究产业导向和项目准入条件，危及生态环境保护的必须取消或调整；可以继续存在的，其开发范围和开发强度应该调减，必须控制人为因素对自然生态的干扰，严禁不符合主体功能定位的开发活动。
六、关于国家级主体功能区的划分方法
划分国家级主体功能区，必须体现国家统筹区域发展的战略意图，选择具有国家甚至全球意义的区域作为国家级的主体功能区。国家级主体功能区建议由国家发改委牵头有关部门会同省级政府共同划分，做到自上而下，上下结合，国家级主体功能区划和省级主体功能区划联动开展。在工作方法上以国家发改委为主，自上而下，国家在划分主体功能区上占据主导地位。如果让各省先划分主体功能区再由国家选择，势必会出现各省都把重点开发区数量报多、范围报大的情况，而且协调起来比较困难。国家级主体功能区划应当把跨省市区行政界限的主体功能区作为重点；在划分过程中要让省级政府参与，充分考虑地方的意见；在初步划分方案形成后要书面征求省级政府的意见。同时，我们也建议国家要加强与有关部门和省市区之间的协调。协调的过程，就是统一思想认识的过程，就是统筹区域发展的过程，就是处理相互利益关系的过程。