财政部门实行单一账户后，相应的也应对各预算单位的账户进行改革。关于预算单位的账户设置，鉴于各地区不同的管理体制和预算单位业务量的多少不同，目前有几种模式可供选择：
一是完全取消预算单位资金账户，财政集中支付机构代理记账，并统一进行账务处理。同时各级预算单位取消会计岗位，撤销银行账户，其现金、转账、汇兑等资金结算和行政经费、事业费、专款的拨入、支出、往来款项的收付以及日常会计核算监督、会计报表编制、会计档案管理等工作，统一由集中支付机构办理和承担。这种方式，财政集中支付部门的业务核算量较大，比较适合于乡镇和县区级、中央、省级财政部门也可采取此模式，但对集中支付中心的业务管理及电子核算要求较高。
二是保留预算单位资金账户，进行备用金核算的管理方式。此方式是第一种方式的变通模式，随着统一发放工资改革、政府采购制度改革的完善，预算单位的主要资金基本由财政统一集中支付，剩余的资金是数量少事项杂、资金量和重要性都比较小的日常零星支出。这些支出主要是日常的水、电、差旅等公用开支等，统一进行集中核算，财政部门业务量巨大。按照这些资金的特点，可采取留用备用金的核算方式，即单位资金账户仍然保留，但只限定规定数额的备用金存储，预算单位日常零星开支可在核定的备用金数额内自行支付，备用金额度不足可随时到财政集中支付机构进行资金请拨申报，财政集中支付部门在审核各预算部门的合理开支后，按备用金限额对单位备用金账户拨款，补足各用金数额。此方式对财政部门人手不足，且预算单位此类业务量巨大的地区比较适合，具体备用金的管理方式可由各地根据实际情况制定，备用金管理方式也可采用现金支付卡、国库支票等方式。
三是保留预算单位资金账户，实行会计委派制度。即各预算单位资金账户继续保留，大部分资金实行集中支付，暂时无法集中支付的资金继续按原渠道拨付预算单位自行核算。为了加强资金管理，预算单位的会计实行委派制度。这是目前阻力最小、比较容易做到的一种模式，但离国库集中支付制度的要求相差较远，比较适合预算单位离集中支付中心较远，或预算单位业务量巨大，财政部门短期内无法承担的地区采用。
对预算部门资金的账户管理方式，在财政部门集中支付没有完善前各地区可自行设置，可根据本地区的实际情况采取某一方式或结合采用，但总的原则是尽量减少中间资金账户的建立，所有财政资金能直接拨付的直接拨付，减少资金转拨环节，而且随着集中支付制度的完善，预算单位的资金账户应逐步减少直至取消。
四、财政支出细化
为便于集中支付，应对财政支出按性质进行分类，针对资金的不同性质通过不同途径和方式进行管理和支付。一是直接支出，也称采购性支出，由政府采购管理部门通过对招投标过程和合同的履行情况进行监督，并根据合同金额通知集中支付机构安排拨款。二是间接支出，也称为转移支出，主要包括对个人（如工资、社会保障等）、对企业的补贴、对下级的转移支付支出等，它的特点是不能直接形成购买力，这部分支出由集中支付机关按预算和支出进度安排拨款。
对于这两种支出的核算，直接支出管理比较简单，集中支付机构根据政府采购机构提供的采购协议以及相关验收文书通过银行即可直接将资金划拨到供货商账户，完成支出过程。间接支出的支付比较复杂些，按照间接支出金额和性质，又可分为大额集中开支和小额零星开支，大额集中开支，如统发工资、上下级转移支付等；小额零星开支，如单位日常公务开支等。大额集中开支核算，按照改革后国库集中支付模式也较为简单，如统发工资，集中支付机构根据统一发放工资系统，将当月工资发放额度提交财政国库管理机构，国库管理机构按照此额度将款项一笔拨付至工资代理发放银行。小额开支十分繁杂，较难处理，各地可根据预算单位账户管理模式建立相应的核算体系，如取消单位账户可由财政集中支付机构全部核算，对继续保留单位账户的可由各预算单位负责此块资金的开支和核算。
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